Добрый день.
Цитата: Могут ли вообще дистанционщики быть частью штатной структуры?
Не только могут, но и должны. Иначе как определить, кому подчиняется этот работник и должна ли индексироваться его зарплата в целях исчисления среднего заработка (если повышение окладов производится в рамках отдельных структурных подразделений).
Цитата: Как выясняется дистанционщика нельзя привязывать к ОП
Ну почему же нельзя, если он входит в структуру того подразделения, которое выделено у вас не только внутриштатно, но и территориально?
Цитата: иначе его НДФЛ выплачивается по ОП, а должен по основной организации.
Нет, все-таки структурные и обособленные подразделения - это совершенно разные понятия, хотя иногда они могут и полностью совпадать.
Ничто не мешает указать в примечании (гр. 10 формы Т-3), что данный работник трудится дистанционно и для него не создано рабочее место по адресу ОП.
Другое дело, что может быть не удастся обмануть бухгалтерскую программу? Но тогда это недостаток программы, а отнюдь не правило, которое вы обязаны строго соблюдать. И если уж совсем никак-никак и есть риск, что разрушится вся автоматика начислений, можно изменить ШР и перенести дистанционных работников в структуру "головы". Но тогда возникнет другая проблема: не получится вменить им в обязанность подчиняться руководителям ОП, поскольку исчезнут всякие основания для этого.